Как вырезать фрагменты из аудио файла

Сделать это можно с помощью утилиты ffmpeg. Например, вырезать из ogg-файла 2 фрагмента между 80 - 568 и 8017 - 12810 секундами:

ffmpeg -i input.ogg \
    -af "aselect='between(t,80,568)+between(t,8017,12810)',asetpts=N/SR/TB" \
    output.ogg

Более подробно об аудио-фильтрах можно узнать из мануала:

man ffmpeg-filters